Transmisi malaria
di Indonesia juga masih terjadi, berdasarkan laporan Riset Kesehatan Dasar 2011
menunjukkan terdapat 374 kabupaten endemis malaria. Penyakit malaria masih
ditemukan di seluruh provinsi di Indonesia. Berdasarkan API (Annual Parasite Index), Indonesia bagian
Timur masuk dalam stratifikasi malaria tinggi, stratifikasi sedang di beberapa
wilayah di Kalimantan, Sulawesi dan Sumatera sedangkan di Jawa-Bali masuk dalam
stratifikasi rendah, meskipun masih terdapat desa/fokus malaria tinggi.
Jumlah kasus malaria di Indonesia tahun
2011 tercatat sebanyak 256.592 orang dari 1.322.451 kasus suspek malaria yang
diperiksa sediaan darahnya. Sementara, angka API dari tahun 2008 – 2009 menurun
dari 2,47 per 1000 penduduk menjadi 1,85 per 1000 penduduk. Sementara, provinsi
dengan API yang tertinggi adalah Papua Barat, NTT dan Papua. Terdapat 12
provinsi yang diatas angka API nasional.
